Tuy nhiên, qua chỉ đạo, bộc lộ nhiều tồn tại, hạn chế ảnh hưởng đến tiến độ và kết quả chung của toàn dự án. Chẳng hạn, quy định về quy mô áp dụng điểm dự án định canh, định cư tập trung phải đảm bảo 20 hộ/điểm đối với vùng cao biên giới Việt-Trung; 35 hộ/điểm thuộc các huyện biên giới; 45 hộ/điểm thuộc các tỉnh miền núi phía Bắc, duyên hải miền Trung và Bắc Kon Tum; 60 hộ/điểm áp dụng đối với các tỉnh còn lại đã gây khó khăn cho các địa phương vì quỹ đất không đủ bố trí cho số hộ/điểm dự án định canh định cư tập trung theo quy định. Việc bố trí đất cho các hộ định canh định cư của các địa phương không giống nhau. Các tỉnh miền núi phía Bắc như Cao Bằng, Hà Giang, Lào Cai, Sơn La, Lai Châu… do thiếu quỹ đất, đất có độ dốc lớn nên cấp không đủ 1ha/hộ; các tỉnh duyên hải miền Trung và Tây Nguyên, quỹ đất thuận lợi hơn nên mỗi hộ được cấp từ 1,2-1,5ha đất ở và đất sản xuất; tỉnh Hậu Giang, Cà Mau do thiếu quỹ đất và giá đất cao nên chỉ bố trí được từ 2.000-3.000m2/hộ; tỉnh An Giang chỉ cấp được 200-400m2 đất ở/hộ định canh định cư xen ghép, không bố trí được đất sản xuất nên phải kết hợp với các dự án khác để đào tạo nghề cho các hộ có điều kiện đi làm thuê. Đặc biệt, do nguồn kinh phí từng năm có hạn, Trung ương cấp vốn để địa phương chủ động bố trí hoàn thành dứt điểm từng dự án nhưng phần lớn địa phương lại đầu tư dàn trải, thiếu tập trung dẫn đến số dự án dở dang lớn, sử dụng vốn kém hiệu quả…

Công tác định canh, định cư cho đồng bào dân tộc thiểu số là việc khó bởi nhiều nguyên nhân: Địa bàn rộng, điều kiện tự nhiên khó khăn, khí hậu khắc nghiệt, thường xảy ra lũ ống, lũ quét; phần lớn đồng bào cư trú phân tán ở vùng sâu, vùng xa; cơ sở hạ tầng yếu kém, thiếu đất sản xuất, thiếu nước; ngay cả với những hộ đã hoàn thành định canh, định cư do phương hướng sản xuất chưa đúng, sản phẩm làm ra khó tiêu thụ không tự bảo đảm đời sống lại chưa có ngành nghề phụ nên rất dễ tái du canh, du cư và di cư tự do. Mặt khác do đặc điểm địa bàn khác nhau, tập quán của các dân tộc đa dạng, thậm chí liên quan đến các yếu tố gắn với an ninh, chính trị, tôn giáo, chuyển dịch kinh tế giữa các vùng nên không tránh khỏi thực tế chính sách ban hành có thể phù hợp với vùng này nhưng lại không phù hợp với vùng khác. Nguồn vốn bố trí thấp so với kế hoạch đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt, thiếu cân đối giữa vốn đầu tư phát triển và vốn sự nghiệp cùng sự buông lỏng quản lý đất đai, bảo vệ rừng của nhiều cấp chính quyền địa phương, thiếu biện pháp hữu hiệu để quản lý hộ tịch, hộ khẩu, quản lý sản xuất… đã góp phần làm tình trạng du canh, du cư trở nên phức tạp, khó kiểm soát.

Trước khối lượng công việc còn tồn đọng nhiều, Ủy ban Dân tộc đã kiến nghị và được Phó Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc chấp thuận cho kéo dài thời gian thực hiện Quyết định 33 đến năm 2015. Nhưng để hoàn thành định canh, định cư cho đồng bào dân tộc thiểu số cần phải có giải pháp hữu hiệu khắc phục những tồn tại, nhược điểm thuộc về nguyên nhân chủ quan trong quá trình tổ chức thực hiện; tiên quyết là đổi mới tư duy về thực hiện công tác định canh, định cư là trách nhiệm của cả hệ thống chính trị chứ không chỉ của riêng cơ quan quản lý nhà nước là Ủy ban Dân tộc và chính quyền các địa phương, nhất là trong bối cảnh sau 5 năm, tình hình thực tế đã có nhiều thay đổi so với thời điểm Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định 33, đòi hỏi phải có sự sửa đổi, bổ sung về cơ chế thực hiện, định mức đầu tư cùng các chính sách hỗ trợ “hậu” định canh, định cư như: Dạy nghề, tạo việc làm, vay vốn tín dụng và các chính sách an sinh xã hội khác.

Đảm bảo vốn cho công tác định canh, định cư mang tính chất quyết định đến tiến độ thực hiện kế hoạch nhưng cần có sự đổi mới trong quan điểm bố trí vốn, nên bố trí vốn tập trung để hoàn thành dứt điểm từng dự án, ưu tiên những dự án có khả năng hoàn thành trong năm để sớm đưa các hộ về định canh, định cư ổn định; đồng thời lồng ghép vốn của các chính sách, chương trình, dự án khác để tăng cường nguồn lực đầu tư cho công tác định canh định cư.

Các bộ, ngành chức năng cần nghiên cứu, sửa đổi các văn bản hướng dẫn cho phù hợp với thực tế, giúp các địa phương giải quyết vấn đề nhập hộ khẩu thường trú, cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất ở, đất sản xuất cho hộ đồng bào dân tộc thiểu số định canh định cư, đảm bảo quyền lợi của đồng bào theo các chính sách của Đảng, Nhà nước đã ban hành. Những đối tượng du canh, du cư phát sinh mới cần được rà soát, thống kê, đề nghị đưa vào danh mục sửa đổi, bổ sung Quyết định số 1342/QĐ-TTg ngày 25/8/2009 của Thủ tướng Chính phủ hoặc có chủ trương, chính sách mới để giải quyết.