Bối Khê là một trong những ngôi chùa cổ bậc nhất ở vùng Bắc Bộ. Tương truyền, chùa xây dựng từ năm 1338, thời Trần. Chùa thờ Phật, Tam Tòa Thánh Mẫu, thờ Đức thánh Bối Nguyễn Đình An – người có công đánh giặc phương Bắc, và cũng lưu giữ nhiều dấu tích tôn giáo của phái Trúc Lâm, Đạo giáo, Khổng giáo.
Chùa thờ Phật ở phía trước, thờ Đức Thánh Bối ở phía sau, một điển hình theo dạng thức "tiền Phật, hậu Thánh". Bối Khê hiện còn lưu giữ một thánh điện với nhiều tượng thờ, thể hiện rõ nét sự hòa nhập tôn giáo ở những ngôi chùa Bắc Bộ. Các pho tượng ghi chép trong văn bia trước thời Nguyễn hiện không còn, chỉ trừ hai pho tượng Quan âm nghìn mắt nghìn tay và Bà Hậu (thời Mạc) ở vị trí tôn chủ của Thượng điện.
Đức Thánh Bối là nhân vật lịch sử tạo nên mối liên kết tôn giáo giữa chùa Bối Khê và chùa Trăm Gian, biểu trưng về hai vùng đất (Bối Khê - Tiên Lữ/Tứ Bích xưa). Hai ngôi chùa đều thờ chung Thánh Nguyễn Đình An. Cũng do thờ chung Thánh nên từ xưa, hai làng đã có tục "kết chạ" còn lưu giữ đến nay.
Theo tài liệu được giới nghiên cứu công nhận, chùa Bối Khê đã trải qua tám đợt trùng tu lớn vào các đời Lê Sơ, Mạc, Lê Trung Hưng và Nguyễn. Nhiều mảng chạm khắc trang trí ở chùa còn lưu giữ dấu tích kiến trúc thời Nguyễn. Có thể nói, chùa Bối Khê hội tụ nhiều nét kiến trúc, mỹ thuật tiêu biểu ở nhiều thời kỳ, do yếu tố trùng tu giữ lại những vật liệu và thừa kế nghệ thuật kiến trúc, mỹ thuật ở thời kỳ trước trong quá trình tôn tạo.