Trước khi Cục ra đời văn bản pháp lý chỉ vẻn vẹn có Luật Bảo vệ sức khỏe nhân dân (1989), Pháp lệnh chất lượng hàng hóa (1991), Pháp lệnh thú y và Pháp lệnh bảo vệ và kiểm dịch thực vật (1993). Pháp lệnh chất lượng hàng hóa đã ban hành nhưng hơn 10 năm chưa có Nghị định hướng dẫn thi hành. Các văn bản này chỉ tập trung điều chỉnh một số lĩnh vực: khám chữa bệnh, quản lý dược, phục hồi chức năng, thú y, bảo vệ thực vật. An toàn thực phẩm chưa được chú trọng.
Trước tình hình đó, Cục đã chủ trì phối hợp với các cơ quan liên quan tham mưu, xây dựng các văn bản quy phạm pháp luật về an toàn thực phẩm để trình Bộ trưởng Bộ Y tế, Chính phủ và Quốc hội ban hành: Chỉ thị số 08/1999/CT-TTg ngày 15/04/1999 của Thủ tướng Chính phủ về tăng cường các biện pháp đảm bảo CLVSATTP, đây là văn bản pháp quy sớm nhất chỉ điều chỉnh về an toàn thực phẩm, có ý nghĩa lớn trong việc huy động tất cả các cấp, các ngành cùng toàn thể xã hội quan tâm đến an toàn thực phẩm, là động lực để xây dựng và ban hành hàng loạt các văn bản quy phạm pháp luật một cách đầy đủ như hiện nay; Pháp lệnh vệ sinh an toàn thực phẩm (năm 2003) là văn bản đầu tiên được Uỷ ban thường vụ Quốc hội thông qua, đây là căn cứ pháp lý quan trọng để các văn bản hướng dẫn được ban hành.
Trải qua những năm tháng khó khăn, bỡ ngỡ ban đầu khi mới thành lập, đến giai đoạn 2003 - 2008 các hoạt động của Cục đã ổn định hơn rất nhiều. Các văn bản pháp quy lần lượt được ban hành như: Nghị định số 163/2004/NĐ-CP ngày 07/09/2004 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Pháp lệnh VSATTP; Quyết định số 48/2005/QĐ-TTG ngày 08/03/2005 về việc thành lập BCĐ liên ngành và Quyết định số 43/2006/QĐ-TTg ngày 20/02/2006 của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt kế hoạch hành động Quốc gia về VSATTP đến năm 2010, Chỉ thị số 06/2007/CT-TTg ngày 28/03/2007 của Thủ tướng Chính phủ về việc triển khai các biện pháp cấp bách đảm bảo VSATTP, Quyết định số 149/2007/QĐ-TTg ngày 10/09/2007 của Thủ tướng Chính phủ về việc phê duyệt chương trình mục tiêu quốc gia VSATTP giai đoạn 2006-2010, đây là bước ngoặt mới mở ra cho ngành an toàn thực phẩm có chương trình quốc gia riêng, tạo tiền đề kinh phí cho hệ thống vận hành, Nghị định số 79/2008/NĐ-CP ngày 18/07/2008 Quy định hệ thống tổ chức quản lý, thanh tra và kiểm nghiệm về VSATTP cũng là văn bản pháp lý có ý nghĩa lớn trong việc hình thành hệ thống tổ chức quản lý an toàn thực phẩm một cách đầy đủ và toàn diện nhất từ trước đến nay. Kể từ đây, chúng ta đã có hệ thống các cơ quan chuyên trách quản lý an toàn thực phẩm từ trung ương đến địa phương.
Cục ATTP phối hợp với Tổ chức Y tế thế giới tổ chức lớp đào tạo cán bộ ATTP năm 2002
Đến giai đoạn 2008 – 2011, việc xây dựng và trình ban hành Luật an toàn thực phẩm thay thế cho Pháp lệnh vệ sinh an toàn thực phẩm trước đây đã khẳng định vị trí quan trọng của ngành an toàn thực phẩm. Từ đây, các văn bản dưới Luật liên tục được ban hành, khẳng định pháp luật đã điều chỉnh toàn bộ xã hội: Nghị định số 38/2012/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật an toàn thực phẩm, Nghị định số 178/2013/NĐ-CP của Chính phủ quy định xử phạt vi phạm hành chính về an toàn thực phẩm là nền tảng pháp lý giúp quản lý an toàn thực phẩm trong phạm vi cả nước và đáp ứng nhu cầu hội nhập quốc tế, Quyết định 1228/QĐ-TTg ngày 07/9/2012 của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Chương trình mục tiêu quốc gia Vệ sinh an toàn thực phẩm giai đoạn 2012-2015 là cơ sở pháp lý cho huy động kinh phí triển khai các hoạt động đảm bảo an toàn thực phẩm, Quyết định số 20/QĐ-TTg ngày 04/01/2012 của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Chiến luợc quốc gia An toàn thực phẩm giai đoạn 2011-2020 và tầm nhìn 2030, Chỉ thị số 08-CT/TW ngày 21/10/2011 của Ban Bí thư Trung ương Đảng về tăng cường sự lãnh đạo của Đảng đối với vấn đề an toàn thực phẩm trong tình hình mới...
Về cơ cấu tổ chức của Cục, theo Quyết định số 1094/1999/QĐ-BYT ngày 10/04/1999 của Bộ trưởng Bộ Y tế quy định chức năng, nhiệm vụ, tổ chức và biên chế của Cục Quản lý chất lượng, vệ sinh an toàn thực phẩm, thì bộ máy của Cục gồm có 5 phòng: Văn phòng Cục (gồm: Tổ chức Cán bộ, Pháp chế, Kế hoạch, Đối ngoại và Hành chính - Quản trị), Phòng Cấp đăng ký và Chứng nhận, Phòng Khoa học kỹ thuật và Tiêu chuẩn, Phòng Giáo dục truyền thông, Chỉ đạo tuyến, Phòng Tài chính kế toán.
Sau này, theo Quyết định số 3558/2001/QĐ-BYT ngày 17/8/2001 của Bộ trưởng Bộ Y tế Cục có thêm Trung tâm Kiểm nghiệm vệ sinh an toàn thực phẩm.
Ngay sau khi thành lập, cùng với việc khẩn trương củng cố bộ máy tổ chức của mình, Cục cũng chú trọng trong kiện toàn các tổ chức đoàn thể: Chi bộ Đảng của Cục được thành lập ngày 27 tháng 09 năm 1999 (theo Nghị quyết số 660/QĐ-ĐU-BYT của Đảng Ủy cơ quan Bộ Y tế) với 12 đảng viên; Thành lập Công đoàn bộ phận Cục Quản lý CLVSATTP (theo Quyết định số 302/NQ-CĐ ngày 10/11/1999 của Công đoàn cơ quan Bộ Y tế); Đồng thời Chi đoàn TNCS HCM của Cục Quản lý chất lượng, vệ sinh an toàn thực phẩm cũng được thành lập trong năm 1999.
Năm 2006, Cục đã tổ chức cuộc thi sáng tác logo của Cục, để quảng bá vị trí của Cục. Kết quả đã có trên 400 tác phẩm của các họa sĩ trên toàn quốc và nước ngoài gửi về dự thi và Hội đồng xét chọn được một logo. Đây là biểu trưng của Cục An toàn thực phẩm và vẫn được sử dụng cho đến nay.
Cùng với tổ chức chuyên môn, tổ chức Đảng, công đoàn và thanh niên của Cục cũng được củng cố, phát triển không ngừng. Trong 10 năm (1999-2008), Chi bộ đảng Cục đã phát triển và kết nạp được 26 đảng viên mới. Ngày 29 tháng 08 năm 2006, Đảng ủy Bộ Y tế đã có Quyết định số 148/QĐ-BCH nâng cấp Chi bộ Cục thành Đảng bộ cơ sở trực thuộc Đảng bộ cơ quan Bộ Y tế với 03 Chi bộ, 50 đảng viên.
Ngày 30/12/2008, Bộ trưởng Bộ Y tế đã ban hành Quyết định số 48/2008/QĐ-BYT về quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Cục An toàn vệ sinh thực phẩm thuộc Bộ Y tế. Theo nội dung của quyết định này, bộ máy tổ chức của Cục tiếp tục được củng cố, phát triển với 09 phòng chuyên môn giúp Cục trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước là: Văn phòng Cục, Phòng Kế hoạch - Tài chính, Phòng Pháp chế - Hội nhập, Phòng Quản lý tiêu chuẩn và Kiểm nghiệm, Phòng Quản lý ngộ độc thực phẩm, Phòng Đăng ký và Chứng nhận sản phẩm, Phòng Thông tin, Giáo dục và Truyền thông, Thanh tra Cục, Phòng đại diện tại phía Nam (nằm trong cơ quan đại diện phía Nam của Bộ Y tế) và 02 đơn vị sự nghiệp trực thuộc là: Trung tâm Ứng dụng kỹ thuật về chất lượng, vệ sinh an toàn thực phẩm (nay là Trung tâm Ứng dụng và Đào tạo an toàn thực phẩm), Văn phòng Codex Việt Nam (chuyển từ Bộ Khoa học và Công nghệ sang).
Ngày 30/12/2008 Bộ trưởng Bộ Y tế đã ban hành Quyết định số 5202/QĐ-BYT thành lập thanh tra Cục ATVSTP, ngày 25/5/2009 Bộ trưởng Bộ Y tế đã ban hành Quyết định số 1819/QĐ-BYT, quy định chức năng, quyền hạn, nhiệm vụ, tổ chức biên chế và mối quan hệ công tác của thanh tra Cục An toàn thực phẩm. Thanh tra Cục sau khi được thành lập đã được tăng cường biên chế, kiện toàn về tổ chức và được đổi tên thành phòng Công tác thanh tra từ tháng 10 năm 2012. 100% cán bộ của phòng Công tác Thanh tra đã được bồi dưỡng nghiệp vụ thanh tra cơ bản và học các lớp bồi dưỡng nâng cao về nghiệp vụ thanh tra chuyên ngành an toàn thực phẩm có khả năng hoàn thành tốt nhiệm vụ được giao. Tại địa phương đã có 63/63 tỉnh, thành phố thành lập tổ chức thanh tra và được đổi tên thành Phòng thanh tra thuộc Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm với tổng số trên 250 người trực tiếp làm công tác thanh tra an toàn thực phẩm trong toàn ngành.
Phó Chủ tịch nước Nguyễn Thị Doan tham dự lễ phát động Tháng hành động vì VSATTP năm 2009
Ngày 14/4/2011, Bộ trưởng Bộ Y tế ban hành Quyết định số 1068/QĐ-BYT thành lập Tạp chí Sức khỏe và an toàn thực phẩm thay thế cho Tờ tin Vệ sinh an toàn thực phẩm. Đây là đơn vị sự nghiệp mới, cùng với trang web vfa.gov.vn, là cơ quan ngôn luận của Cục, tránh được những sai lệch thông tin gây ảnh hưởng đến uy tín của Cục và xã hội.
Theo đà phát triển đi lên, Bộ trưởng Bộ Y tế đã ban hành Quyết định số 4062/QĐ-BYT ngày 22/10/2012 quy định bộ máy của Cục và thay đổi tên một số đơn vị thuộc Cục như sau: Văn phòng Cục, Phòng Kế hoạch Tổng hợp, Phòng Tài chính - kế toán, Phòng Pháp chế - Hội nhập, Phòng Quản lý tiêu chuẩn và Kiểm nghiệm, Phòng Giám sát ngộ độc thực phẩm, Phòng Quản lý sản phẩm thực phẩm, Phòng Thông tin, Giáo dục, Truyền thông, Phòng Công tác Thanh tra, Trung tâm Ứng dụng và Đào tạo an toàn thực phẩm, Văn phòng Codex Việt Nam, Tạp chí Sức khỏe và an toàn thực phẩm.
3. Mặc dù là tổ chức được giao nhiệm vụ hết sức nặng nề và mới mẻ ở Việt Nam, nhưng khi mới thành lập Cục vẫn gặp rất nhiều khó khăn, thiếu thốn về nhân sự. Khi mới thành lập tổng biên chế của Cục chỉ có 27 người, với nòng cốt hầu hết là cán bộ được điều chuyển từ Viện Dinh dưỡng Quốc gia, Vụ Y tế dự phòng. Sau khi bổ nhiệm Cục trưởng, Cục được thêm Phó Cục trưởng là DS. Huỳnh Hồng Nga.
Đến đầu năm 2000, để tăng cường nhân lực cho Cục, Bộ Y tế bổ sung thêm hai Phó Cục trưởng là ThS. Chu Quốc Lập và TS. Trần Đáng; một số cán bộ, công chức, chuyên viên cũng dần được bổ sung vào các phòng chuyên môn.
Tuy nhiên, do xác định được nhiệm vụ hết sức nặng nề, nhạy cảm ảnh hưởng đến nhiều mặt của đời sống xã hội là an toàn thực phẩm, nên Chi bộ Đảng, tập thể lãnh đạo và cán bộ, công chức của Cục đã vượt lên tất cả khó khăn về cơ sở vật chất và nhân sự, quyết tâm và đồng lòng nhanh chóng ổn định tổ chức, triển khai ngay công việc chuyên môn, đáp ứng thực tiễn đang đòi hỏi tại thời điểm mới thành lập.
Được sự quan tâm tạo điều kiện thuận lợi của Chính phủ và Bộ Y tế, tổ chức của Cục không ngừng phát triển lớn mạnh. Ngày 27 tháng 08 năm 2004, Bộ trưởng Bộ Y tế đã ban hành Quyết định số 2964/2004/QĐ-BYT quy định về chức năng, nhiệm vụ của các Vụ, Cục thuộc cơ quan Bộ, trong đó Cục được đổi tên là Cục An toàn vệ sinh thực phẩm. Từ 05 phòng ban đầu, Cục đã có 07 phòng, trong đó 02 phòng mới được thành lập là: Phòng Chỉ đạo tuyến, Phòng Hội nhập và Phát triển. Biên chế của Cục giai đoạn này có 41 người, trong đó có 02 phó giáo sư, 02 tiến sĩ, 04 thạc sĩ, 10 bác sĩ, 8 kỹ sư, 12 cử nhân, 03 dược sĩ.
Về lãnh đạo Cục, cũng có sự thay đổi, Phó Cục trưởng Huỳnh Hồng Nga được nghỉ hưu, năm 2004 hai Phó Cục trưởng được bổ nhiệm mới là KS. Hoàng Thủy Tiến và PGS.TS. Nguyễn Thị Khánh Trâm. Cuối năm 2004 GS.TS Phan Thị Kim - Cục trưởng được nghỉ hưu và PGS.TS. Trần Đáng được bổ nhiệm thay thế. Một năm sau đó, ThS. Chu Quốc Lập - Phó Cục trưởng cũng được nghỉ hưu và năm 2006 Cục được bổ sung 02 Phó Cục trưởng mới là TS. Nguyễn Thanh Phong và TS. Nguyễn Hùng Long. Ngày 01/08/2008, PGS.TS. Trần Đáng, Cục trưởng được nghỉ hưu và PGS.TS Nguyễn Công Khẩn được điều chuyển giữ chức Cục trưởng. Năm 2010, KS Hoàng Thủy Tiến – Phó cục trưởng được nghỉ hưu và Cục được bổ sung Phó Cục trưởng mới là ThS Lê Văn Giang.
Để nâng cao năng lực chuyên môn, nghiệp vụ cho đội ngũ cán bộ công chức của mình, Cục cũng đã tạo điều kiện cho nhiều cán bộ đi học sau đại học và tham gia các khóa bồi dưỡng chuyên môn nghiệp vụ cả ở trong nước và nước ngoài. Đến năm 2013 đã có 08 học vị tiến sĩ, 41 người có học vị thạc sĩ.
Ngày 16/02/2012, TS. Trần Quang Trung – nguyên Chánh Thanh tra Bộ đã được chuyển sang làm Cục trưởng thay thế GS.TS. Nguyễn Công Khẩn đi nhận nhiệm vụ khác.
Về cơ sở vật chất, do tổ chức mới thành lập nên chưa có trụ sở làm việc mà phải thuê 03 gian nhà, trong đó 02 gian là nhà kho của Viện Dinh dưỡng Quốc gia và 01 gian là nhà trẻ của Tập thể Bộ Y tế. Sau đó được thuê thêm của Tổng Công ty Trang thiết bị y tế để làm phòng làm việc cho cán bộ Cục. Tuy nhiên, nhà cửa cũ nát, hồ sơ tài liệu không có chỗ để, mưa ngập tràn vào nhà, nhiều khi cán bộ phải đi ủng làm việc trong phòng. Đó là ấn tượng không thể nào quên đối với số cán bộ đã có mặt tại Cục vào thời điểm cực kỳ khó khăn này.
Ban đầu, phương tiện đi lại cho lãnh đạo Cục chỉ có 01 xe ô tô cũ do Dự án của Bộ chuyển sang vào năm 1999, địa điểm Cục lại ở hai nơi cách xa nhau nên lãnh đạo liên tục phải đi taxi, cán bộ trong Cục cứ 02 người/1 bàn, ghế và máy tính.
Một ngày lịch sử không thể quên, đặc biệt đối với tập thể cán bộ, công chức Cục An toàn vệ sinh thực phẩm, đó là ngày 10/10/2006, Cục được chuyển sang cơ sở mới là tòa nhà 09 tầng (thuộc Dự án xây dựng cho Trung tâm Kiểm nghiệm an toàn thực phẩm, chuyển đổi sang là cơ sở làm việc của Cục). Ngay khi chuyển sang cơ sở mới, Cục đã xây dựng và áp dụng tiêu chuẩn ISO 9001:2000 và Tiêu chuẩn 5S về hành chính trong hoạt động điều hành quản lý hành chính trong Cục. Kể từ đó, chế độ làm việc, quy trình làm việc của các phòng và toàn Cục được xây dựng hợp lý và thực hiện khoa học hơn, phù hợp với chủ trương của Chính phủ trong cải cách hành chính công và hội nhập quốc tế. Việc thống kê, lưu trữ hồ sơ cũng được đưa vào nề nếp. Chỉ thống kê từ 2005 - 2013 đã có 126.735 văn bản đến và 47.948 công văn đi. Các văn bản được phân loại và lưu trữ theo file, dễ tìm, dễ lấy, dễ thấy, thuận lợi cho tra cứu, truy xuất.