Đảng bộ thành phố Vĩnh Yên có 38 chi, Đảng bộ cơ sở, trong đó có 19 đảng bộ, 19 chi bộ thuộc 9 khối xã phường; 7 cơ quan, 19 khối sự nghiệp, 2 khối lực lượng vũ trang. Có 239 chi bộ trực thuộc với tổng số 4.650 đảng viên. Cùng với việc tập trung chỉ đạo kiện toàn tổ chức cơ sở Đảng theo tinh thần Nghị quyết của Tỉnh uỷ, 5 năm qua BTV Thành uỷ Vĩnh Yên đã ban hành 895 văn bản về công tác xây dựng Đảng.
Trong các công tác xây dựng Đảng; Các cấp uỷ từ thành phố đến cơ sở luôn coi trọng công tác giáo dục chính trị tư tưởng cho cán bộ đảng viên và nhân dân, quán triệt nghiêm túc chủ trương, đường lối, chính sách của Đảng, pháp luật của Nhà nước; tổ chức tốt việc học tập các nghị quyết của Đảng các cấp gắn với xây dựng chương trình hành động và triển khai tổ chức thực hiện. Đại đa số cán bộ đảng viên có bản lĩnh chính trị vững vàng, kiên định chủ nghĩa Mác - Lênin, tư tưởng Hồ Chí Minh, chấp hành nghiêm chỉnh đường lối, chính sách của Đảng, pháp luật của Nhà nước; có sự thống nhất cao trong tư tưởng và hành động, hoàn thành nhiệm vụ được giao, xây dựng chi, đảng bộ TSVM.
Công tác bồi dưỡng lý luận chính trị được coi trọng theo hướng gắn lý luận với thực tiễn. 5 năm qua các cấp chính quyền, đoàn thể, MTTQ đã mở 108 lớp đào tạo, bồi dưỡng và nâng cao trình độ lý luận chính trị, chuyên môn nghiệp vụ cho 9.695 lượt cán bộ, đảng viên, trên các lĩnh vực về công tác xây dựng Đảng; công tác kiểm tra, giám sát; công tác dân vận của Đảng... Từ đó góp phần nâng cao một bước nhận thức chính trị tư tưởng, năng lực công tác cho đội ngũ cán bộ, đảng viên nhất là cơ sở.
Công tác xây dựng chi, Đảng bộ được coi trọng; Thành uỷ luôn quan tâm lãnh đạo xây dựng, củng cố tổ chức cơ sở Đảng, giai đoạn 2006-2010 đã thành lập mới 6 chi bộ cơ sở, nâng cấp 2 chi bộ lên đảng bộ, giải thể 2 chi bộ, bổ sung 51 cấp uỷ cơ sở, chuyển giao 27 chi, đảng bộ về Đảng uỷ Khối Doanh nghiệp tỉnh.
Vai trò lãnh đạo và sức chiến đấu của các tổ chức cơ sở Đảng thường xuyên được nâng cao, thực hiện đúng nguyên tắc tập trung dân chủ, đề ra được các chủ trương, nghị quyết sát, đúng lãnh đạo các nhiệm vụ chính trị trong đơn vị. Chế độ sinh hoạt đảng được duy trì tốt, chất lượng sinh hoạt được đổi mới, thiết thực hơn, tinh thần đấu tranh tự phê bình và phê bình được quan tâm, mối quan hệ đoàn kết trong Đảng gắn bó chặt chẽ hơn. Công tác tổ chức cán bộ có sự chuyển biến đồng bộ từ khâu quy hoạch, đánh giá, bổ nhiệm, luân chuyển và thực hiện chính sách cán bộ. Từng cơ sở đã xây dựng được đội ngũ cán bộ đảm bảo về số lượng, chất lượng, phẩm chất chính trị và trình độ năng lực chuyên môn.
Thành phố đã cử 167 cán bộ các phòng, ban đi học đại học và lý luận chính trị, bổ nhiệm 59 đồng chí cấp trưởng, phó phòng, ban. Cán bộ được đề bạt đều phát huy tốt năng lực phẩm chất chính trị trong thực hiện nhiệm vụ được giao. Tỷ lệ chi, đảng bộ cơ sở đạt TSVM hàng năm duy trì ở mức 80 đến 85%. Tỷ lệ đảng viên đủ tư cách hoàn thành tốt nhiệm vụ tăng từ 75% năm 2006 đến 91,4% năm 2010.
Công tác phát triển Đảng được quan tâm, tỷ lệ đảng viên mới ở độ tuổi thanh niên, đảng viên là nữ mới được kết nạp ngày càng tăng, đã kết nạp được 865 đảng viên mới, trong đó đảng viên trẻ chiếm 62,4%, nữ chiếm 46%. Bình quân mỗi năm kết nạp được 173 đảng viên, góp phần trẻ hoá đội ngũ đảng viên của Đảng bộ. Công tác kiểm tra, giám sát được tăng cường, đã thực hiện tốt kiểm tra việc chấp hành Điều lệ Đảng và các chủ trương, chính sách của Đảng, pháp luật của Nhà nước; kiểm tra tổ chức Đảng và Đảng viên có dấu hiệu vi phạm. Kịp thời phát hiện uốn nắm những thiếu sót và xử lý vi phạm theo quy định, giải quyết và xử lý kịp thời những đơn thư khiếu nại, tố cáo tổ chức Đảng và Đảng viên.
Thông qua công tác kiểm tra dấu hiệu vi phạm và giải quyết đơn thư tố cáo, cấp uỷ và UBKT các cấp đã xử lý kỷ luật 42 đảng viên (khiển trách 10, cảnh cáo 16, cách chức 3, khai trừ 13). Nội dung vi phạm chủ yếu ở các lĩnh vực: vi phạm trong quản lý đất đai, kế hoạch hoá gia đình, vi phạm nguyên tắc tổ chức sinh hoạt Đảng, vi phạm phẩm chất lối sống.