Theo tổng hợp của ngành chuyên môn, Hưng Yên có hơn 230 km sông ngòi như sông Hồng, sông Luộc, các sông thuộc hệ thống Bắc Hưng Hải, hơn 5 nghìn ha ao, hồ, đầm. Với mật độ sông ngòi, ao, đầm tự nhiên như trên đã góp phần tạo nên hệ sinh thái vùng ngập nước phong phú và đa dạng, với trên 60 loài cá thuộc 12 bộ, 23 họ như cá lăng, cá mòi, cá vền; các loài lưỡng cư như ếch, rắn, ba ba... Sự phong phú của vùng ngập nước, đa dạng của các loài thuỷ sản đã góp phần tạo ra nguồn lợi không nhỏ.
Với lợi thế mạng lưới sông, hồ thuận lợi cho các loài thủy sản tự nhiên phát triển, việc đánh bắt, khai thác là nghề mang lại nguồn kinh tế chủ yếu của nhiều gia đình. Qua tổng hợp sơ bộ, toàn tỉnh hiện có trên 100 hộ làm nghề khai thác thuỷ sản thường xuyên bằng phương tiện thuyền nhỏ trên sông Hồng, sông Luộc, hệ thống sông Bắc Hưng Hải; hàng trăm hộ khai thác không thường xuyên trong các vùng nước nội đồng. Việc đánh bắt thuỷ sản theo phương pháp truyền thống như lưới, chài, vó được xem là biện pháp phù hợp, góp phần khai thác hiệu quả và bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản tự nhiên. Tuy nhiên, những năm gần đây, do chưa được tuyên truyền rộng rãi, thiếu những giải pháp hiệu quả trong việc thực hiện các quy định về đánh bắt thuỷ sản trên vùng nước tự nhiên, nên việc đánh bắt thuỷ sản không đúng quy định diễn ra phổ biến. Thực tế cho thấy, việc sử dụng kích điện, xung điện, lưới mắt nhỏ hơn quy định để đánh bắt thuỷ sản vẫn tồn tại và có xu hướng gia tăng. Ngoài việc khai thác tự do của người dân làm cho nguồn lợi thủy sản ngày càng cạn kiệt, tình trạng ô nhiễm môi trường nước nguồn lợi thuỷ sản tự nhiên suy giảm cả về số lượng và chủng loại. Một số giống, loài thuỷ sản ngày càng trở nên khan hiếm như cà cuống, ếch, rắn, tôm đồng, rô đồng... nếu không được tái tạo, bảo vệ và khai thác hợp lý, nguồn lợi thuỷ sản đó sẽ trở nên cạn kiệt, mất đi những lợi thế trong phát triển thuỷ sản.
Ông Trần Danh Cẩm, Trưởng phòng Thuỷ sản (Sở Nông nghiệp và PTNT) cho biết: Tình trạng đánh bắt thuỷ sản trên các sông, trục, ao tự nhiên sai quy định diễn ra khá phổ biến, tuy nhiên do chưa có sự phối hợp chặt chẽ của các ngành chức năng nên việc xử lý còn nhiều khó khăn. Hơn nữa, sự phát triển của công nghiệp, làng nghề dẫn đến nguồn nước thải trực tiếp ra các sông ngày càng lớn làm ô nhiễm môi trường nước, ảnh hưởng đến đời sống nhân dân, các loài thuỷ sản có nguy cơ bị tuyệt chủng, song ngành chức năng vẫn chỉ dừng ở mức độ tuyên truyền, chưa có giải pháp hiệu quả ngăn chặn...
Để phát huy những lợi thế về hệ thống diện tích mặt nước tự nhiên, đồng thời từng bước có biện pháp bảo vệ, tái tạo nguồn lợi thuỷ sản, bảo đảm đa đạng sinh học và phát triển thuỷ sản; tăng cường quản lý nhà nước về bảo vệ và phát triển nguồn lợi thuỷ sản; khai thác hiệu quả tiềm năng mặt nước, từ năm 2006 đến nay, thực hiện đề án “Bảo vệ và phát triển nguồn lợi thuỷ sản tỉnh Hưng Yên giai đoạn 2006-2010”, mỗi năm tỉnh đã trích ngân sách tổ chức thả cá giống ra nguồn nước tự nhiên trên các hệ thống sông chính với số lượng hàng năm trên 20 vạn con, gồm các loài cá như trắm, trôi, mè, rô phi... Việc tổ chức thả cá tái tạo nguồn lợi thủy sản trên diện tích mặt nước tự nhiên đã góp phần tạo cân bằng hệ sinh thái môi trường nước, đặc biệt cung cấp nguồn thủy sản phong phú hơn cho môi trường nước tự nhiên, giúp cho người dân có nguồn cá để khai thác. Qua thực tế tại các đợt thả cá, việc lựa chọn con giống cũng như địa điểm thả đều đạt tiêu chuẩn kỹ thuật, chất lượng con giống bảo đảm. Song bên cạnh đó, hiện tượng người dân tổ chức đánh bắt ngay sau khi cá được thả đã diễn ra, ảnh hưởng không nhỏ đến hiệu quả và ý nghĩa của việc tái tạo nguồn lợi thuỷ sản. Mong rằng, trong những đợt thả cá tiếp theo, ngành chức năng có những biện pháp hạn chế tình trạng trên. Trước hết, cần đẩy mạnh tuyên truyền nâng cao ý thức của người dân tại những điểm tổ chức thả cá, phối hợp chặt chẽ với chính quyền sở tại có biện pháp quản lý, trông coi sau khi cá được thả; đồng thời có biện pháp xử lý những trường hợp cố tình vi phạm.
Bảo vệ và phát triển nguồn lợi thuỷ sản được thực hiện có hiệu quả sẽ góp phần phát huy lợi thế mặt nước, tạo ra nguồn lợi thuỷ sản trong vùng nước tự nhiên trên địa bàn tỉnh, tạo sự cân bằng sinh thái môi trường nước. Tuy nhiên, cùng với việc thả cá tái tạo nguồn lợi thuỷ sản, công tác bảo vệ cũng cần được quan tâm, có giải pháp hiệu quả nhằm ngăn chặn tình trạng đánh bắt thuỷ sản sai quy định. Để việc tái tạo và phát triển nguồn lợi thuỷ sản được thực hiện có hiệu quả, ngành chức năng và chính quyền địa phương cần phối hợp chặt chẽ trong việc triển khai thực hiện đề án bảo vệ và tái tạo nguồn lợi thuỷ sản; đẩy mạnh công tác tuyên truyền về bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản và quản lý khai thác nguồn lợi thuỷ sản trên diện tích mặt nước tự nhiên trong cộng đồng. Đồng thời, tăng cường sự phối hợp giữa các cấp, ngành liên quan trong việc kiểm tra, phát hiện và xử lý các trường hợp sử dụng kích điện, xung điện, chất độc, chất nổ để đánh bắt thuỷ sản; xả nước thải, rác thải làm ô nhiễm nguồn nước tự nhiên; hướng dẫn người thực hiện việc đánh bắt, khai thác thuỷ sản tự nhiên theo quy định.