Tương truyền, chùa xây dựng từ năm 1338, thời Trần. Chùa thờ Phật, Tam Tòa Thánh Mẫu, thờ Đức thánh Bối Nguyễn Đình An – người có công đánh giặc phương Bắc, và cũng lưu giữ nhiều dấu tích tôn giáo của phái Trúc Lâm, Đạo giáo, Khổng giáo.
Chùa thờ Phật ở phía trước, thờ Đức Thánh Bối ở phía sau, một điển hình theo cách bố trí kiến trúc "tiền Phật, hậu Thánh". Bối Khê hiện còn lưu giữ một thánh điện với nhiều tượng thờ, thể hiện rõ nét sự hòa nhập tôn giáo ở những ngôi chùa Bắc Bộ. Các pho tượng ghi chép trong văn bia trước thời Nguyễn hiện không còn, chỉ trừ hai pho tượng Quan âm nghìn mắt nghìn tay và Bà Hậu (thời Mạc) ở vị trí tôn chủ của Thượng điện.
Đức Thánh Bối là nhân vật lịch sử tạo nên mối liên kết tôn giáo giữa chùa Bối Khê và chùa Trăm Gian, biểu trưng về hai vùng đất (Bối Khê - Tiên Lữ/Tứ Bích xưa). Hai ngôi chùa đều thờ chung Thánh Nguyễn Đình An. Cũng do thờ chung Thánh nên từ xưa, hai làng đã có tục "kết chạ" còn lưu giữ đến nay.
 |
| Chùa Bối Khê. |
Theo tài liệu được giới nghiên cứu công nhận, chùa Bối Khê đã trải qua tám đợt trùng tu lớn vào các đời Lê Sơ, Mạc, Lê Trung Hưng và Nguyễn. Nhiều mảng chạm khắc trang trí ở chùa còn lưu giữ dấu tích kiến trúc thời Nguyễn. Có thể nói, chùa Bối Khê hội tụ nhiều nét kiến trúc, mỹ thuật tiêu biểu ở nhiều thời kỳ, do yếu tố trùng tu giữ lại những vật liệu và thừa kế nghệ thuật kiến trúc, mỹ thuật ở thời kỳ trước trong quá trình tôn tạo.
Chùa cổ Bối Khê là một điển hình của dạng chùa cụm Đồng bằng Bắc Bộ với kiến trúc gỗ kéo dài theo trục dọc, mở rộng theo tuyến ngang, một nét mới của kiến trúc Phật giáo Việt Nam xuất hiện từ thời Trần.
Kiến trúc chùa bố trí theo trục Tây - Đông, lần lượt các công trình gồm: Năm tháp mộ, đền Đức Ông, sân ngoài, đường lát gạch, Ngũ Không Môn (gồm năm cổng), cầu gạch qua sông Đỗ Động, tam quan, chùa Phật (tiền đường, thiêu hương, thượng điện, hai hành lang), cung Thánh (đại bái, ống muống, hậu cung).
Ngũ Không Môn và cầu dẫn đến Tam quan được xây bằng gạch, trang trí với phong cách Nguyễn muộn (cuối thế kỉ XIX - đầu thế kỉ XX) với các đề tài tứ linh, hoa trái, voi ngựa đắp bằng vữa và vẽ lên tường.
Từ chùa Phật đến cung Thánh được bao bằng vòng tường xây tạo thành dạng kiến trúc nội (nhị) công ngoại quốc. Ngoài vòng tường chữ "quốc" còn có một số kiến trúc khác ở phía Nam và ao, giếng, vườn cây. Trên thềm gạch chùa còn lưu giữ các lớp gạch trang trí, cho thấy nhiều tầng lớp văn hóa chồng nên nhau.
Tại bậc thềm phía trước thượng điện còn lưu giữ vết tích của gạch thời Mạc và thời Lê, với những hoa văn và linh vật trang trí chạm nổi còn gần như nguyên vẹn.
 |
| Kiến trúc mái đao tại hậu cung chùa cổ Bối Khê. |
Nhiều hiện vật khác ở chùa Bối Khê còn lưu giữ khá nguyên vẹn tiêu biểu như các linh vật đá, bia đá có niên đại lâu đời, các mảng chạm gỗ trên xà cột của chùa từ thời Nguyễn, sập đá cổ… Điểm đặc biệt trong kỹ thuật điêu khắc ở chùa là những mảng chạm khắc tinh xảo, cầu kỳ mang họa tiết hoa sen, hoa cúc, rồng, mây… Hậu cung kiểu kiến trúc hai tầng tám mái bằng gỗ, lưu giữ nhiều giá trị trong nghệ thuật chế tác, xây dựng kiến trúc cổ của Việt Nam.
Những cây hoa sen đất quý hiếm ở chùa, hình ảnh "cành sen" được nhắc đến trong ca dao, dân ca - "Đêm qua tát nước đầu đình/ Bỏ quên cái áo trên cành hoa sen", hay "Lên chùa bẻ một cành sen/ Ăn cơm bằng đèn đi cấy sáng trăng".
Bối Khê là một ngôi chùa đẹp và độc đáo, các hiện vật phản ánh nhiều giá trị lịch sử, văn hoá thuần Việt. Hiện nay, xã Tam Hưng, huyện Thanh Oai mong muốn đưa chùa Bối Khê trở thành điểm du lịch tâm linh và kiến trúc, mở rộng tiềm năng du lịch của địa phương.